移動廁所不像傳統的公共廁所一樣，移動廁所沒有固定的污水處理通道，一般常見的移動廁所的類型大致可以分為以下幾種：
水沖與無水沖抽吸式移動廁所
水沖式移動廁所內有水沖裝置，一般將水箱置于廁所頂部，廁所底部設置有污水箱，而無水沖式移動廁所則沒有沖水裝置，由設置于廁所底部的污水箱直接承接使用人員的排泄物。由于這兩種形式的移動廁所污水箱容量較小，當使用到規定人數時，需要及時抽吸，否則容易發生滿溢事件，抽吸頻率較高。
循環水沖型移動廁所
該種移動廁所配置有間歇式好氧與厭氧處理糞便污水裝置，另再添加生物菌種，運用生物膜技術，加速糞便污水的發酵分解，然后通過過濾裝置，將經處理的糞便污水再循環用于沖洗廁所潔具，其特點是運用了先進的糞便污水處理技術，節約寶貴的水資源，減少糞便污水抽吸次數，環保理念得到充分彰顯。
干式打包型移動廁所
該種移動廁所沒有水沖裝置，排泄物由放置于潔具下部的可降解塑料袋承接，每使用一人次，自動換置另一新的塑料袋，用完后將塑料袋集中收集運往處理廠處置。這種移動廁所的特點是完全不用水沖，節約水資源，污物收集比較方便。
泡沫封堵型移動廁所
泡沫封堵型移動廁所是利用發泡液混合液產生的泡沫代替廁所沖水，使用時，廁具側壁上設有泡沫通道，泡沫廁所的壓縮空氣經壓縮空氣輸送管至泡沫激發器，使泡沫箱發出的泡沫經泡沫通道覆蓋便器內側而無臭味，使用泡沫代替水沖廁具，此系統緊靠收集凈手水就可滿足發泡用水，因此最大限度地節約水資源。
微生物型移動廁所
微生物型移動廁所排泄物通過自動開啟便盆進入固液分離裝置，該套裝置可將小便過濾，將大便推開分離出來，然后分別進行處理。大便被分離后進入發酵槽，通過螺旋推進器轉動將初期配料、木屑、生物菌種和糞便混合，在微生物菌的作用下分解，以CO2和H2O的形式分離，降解率≥99%；小便被過濾后進入小便綜合處理系統，經曝氣、蒸發、脫色等工序將其處理成中水回沖小便器，形成循環。
另外，一些移動廁所增加了自動化功能，投幣后自動開門，使用完后自動沖洗潔具和地坪，裝有應急呼叫裝置和為殘障人服務的設施，還有依靠太陽能供應能源的移動廁所，自帶發電裝置、設有空調設備的移動廁所等等，種類非常豐富。
